东京大学庞大的学部，含有23个系109个讲座，几乎覆盖了所有的工程学科，包括土木、机械、电子、船舶、航空、原子能、资源、金属、材料、应用化学、应用物理、计算等领域的众多学科，还设有一个工程基础系，一个原子能工程研究和综合试验场。
2.经济学部
仅含经济学、经营学两系，附属有日本产业经济研究室。
3.理学部
设数学、信息科学、物理、天文、地球物理、化学、生物化学、生物科学、地学9系，附属部门有临海实验场、植物园、基本粒子物理国际中心、光谱化学研究中心、地壳化学研究室、天文学教学研究中心等。
4.法学部
为东京大学历史老，也是声望很高的学部，为东京大学支下的部门机构，为东京大学所管辖。日本历很多政界要人均出自该学部。设有民主、公法、政治学3系，附属部门有外国法文献中心，近代日本法政史资料中心。
5.文学部
设文学、史学、语言学、行动学4系，附设文化交流、北海文化研究两实习实验部门。该学部亦出过众多名扬日本的文学家、诗人、俳名作家、艺人等明星。
6.教育学部
设教育学、教育心理学、学校教育、教育行政、体育和健康教育5系，附属学校有中学、高中各一所。
7.医学部
有医学、健康护理学两系，附设脑研究实验室、医学电子实验室、声音语言医学实验室、实验动物饲养室，两所附属医院，附属学校有养护学校、接生护士学校。该学部以外科，特别是脑外科在世界上十分有名。
8.经济学部
仅含经济学、经营学两系，附属有日本产业经济研究室。
9.教养学部
负责全校低年级学生的公共基础课，下分综合文化、地区文化、社会科学有关学科、系统自然科学、自然科学有关学科5系，并设有美国研究资料中心，语言文化中心、数理科学研究室等。
10.农学部
开设农业生物学、农业化学、林业学、水产学、农业经济学、农业工程、兽医学、林产学8系，附设有农场，实习林场、牧场、兽医院、水产实验场、绿地植物实验场等实习实验设施。
